W 1956 rozpoczęto numerowanie strażnic na poziomie brygady. Strażnica I kategorii Podczerwone miała nr 9 w 3 Brygadzie Wojsk Ochrony Pogranicza.
33 batalion WOP w Czarnym Dunajcu został rozformowany w 1957. Strażnice rozformowanego batalionu włączono w struktury 32 batalionu WOP Nowym Targu w tym Strażnicę WOP Podczerwone kategorii I.
1 stycznia 1960 była jako 13 strażnica WOP Podczerwone kategorii II w strukturach 32 batalionu WOP w Nowym Targu.
1 stycznia 1964 8 strażnica WOP Podczerwone miała status strażnicy lądowej II kategorii w strukturach 32 batalionu WOP Nowym Targu.
1 czerwca 1976, w związku z przejściem na dwuszczeblowy system dowodzenia, rozwiązano 32 Batalion WOP w Nowym Targu. W jego miejsce zorganizowano placówkę zwiadu i kompanię odwodową, a podległe strażnice zostały włączone bezpośrednio pod sztab 3 Karpackiej Brygady WOP w Nowym Sączu, w tym Strażnica WOP Podczerwone.
W lipcu 1983 w strukturach Karpackiej Brygady WOP odtworzono bataliony graniczne WOP: w Sanoku i Nowym Targu, a w strukturach tego drugiego funkcjonowała Strażnica WOP Podczerwone.
W 1990 Strażnica WOP Podczerwone była w strukturach Karpackiej Brygady WOP w Nowym Sączu.