31 grudnia 1959 23 placówka WOP II kategorii Muszyna, a 1 stycznia 1964 jako 17 placówka WOP II kategorii Muszyna funkcjonowała w strukturach 31 batalionu WOP.
Strażnica WOP Muszyna do 15 maja 1991 była w strukturach Karpackiej Brygady Wojsk Ochrony Pogranicza.
Straż Graniczna: 15 maja 1991 po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, 16 maja 1991 strażnica w Muszynie przejęta została przez Karpacki Oddział Straży Granicznej w Nowym Targu i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Muszynie (Strażnica SG w Muszynie).
W 2000 rozpoczęła się reorganizacja struktur Straży Granicznej związana z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego.