Po powrocie do Japonii, pracował jakiś czas w administracji wojskowej, zajmując się głównie sprawami transportu. W 1944 został mianowany dowódcą nowo tworzonej 35. Armii, której zadaniem – wobec zagrożenia Filipin spodziewaną inwazją wojsk amerykańskich – miała być obrona południowej i środkowej części archipelagu. Kwatera główna 35. Armii, której podlegały 16., 102., 30. i 100. Dywizje Piechoty znajdowała się w mieście Cebu City, na wyspie o tej samej nazwie.
Gdy 20 października amerykańska 6. Armia wysadziła desant na Leyte, Suzuki zaczął wysyłać tam siły mające wzmocnić słaby miejscowy garnizon i w rezultacie zgromadził na tej wyspie ok. 45 000 ludzi. Amerykanie jednak, dysponując ogromną przewagą tak na lądzie, jak na morzu i w powietrzu (zwłaszcza po zwycięstwie w bitwie w zatoce Leyte), do końca grudnia zadali klęskę siłom japońskim. Zaniepokojony rozwojem sytuacji gen. Yamashita, 25 grudnia nakazał Suzukiemu ewakuować resztki oddziałów, by „zatrzymać na południu archipelagu Filipin tyle amerykańskich dywizji, ile się tylko da”. Jednakże taka operacja nie mogła zostać przeprowadzona ze względu na to, że Amerykanie wcześniej opanowali wszystkie większe porty Leyte i zdecydowanie panowali na morzu.