Dwa klasyczne przykłady sygnałów umożliwiających odkrycie genów to wyspy CpG oraz miejsca wiążące ogon poli-A.
Po drugie, mechanizmy splicingu wykorzystywane w komórkach eukariotycznych sprawiają, że pojedyncza sekwencja białkowa w genomie jest podzielona między kilka części kodujących (egzonów), oddzielonych sekwencjami niekodującymi (intronami). Typowe białko u ludzi może być podzielone na wiele eksonów, każdy długości mniej niż 200 par zasad, a niektórych długości 20-30 par zasad. Jest zatem znacznie trudniej wykryć okresowości oraz inne znane właściwości kodujących białka DNA.
Metody na ab initio Przewidywanie ab initio jest metodą, która oparta jest na zawartości genu oraz detekcji sygnałuhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12364589 Mathé C, Sagot MF, Schiex T, Rouzé P (2002).. Zautomatyzowana adnotacja wciąż wymaga ręcznej weryfikacji. Istnieje kilka parametrów, które pozwalają na przewidywanie genów, takich jak zawartość par GC (ang. GC-content), wykorzystanie kodonów, GC-Skew i in.
Przypisy
Kategoria:Genomika