Na osobną wzmiankę zasługuje niewątpliwie Czarna legenda śmierci prymasa Poniatowskiego – publikacja szeroko dyskutowana w środowiskach naukowych końca lat 80.

Problematyka zesłańcza XVIII i XIX wieku jest ważna w dorobku naukowym A. Woltanowskiego. Wymienić tu można Kult Maryjny zesłańców polskich na Syberii w XIX w., publikacje poświęcone historii zesłań konfederatów barskich i uczestników spisku Szymona Konarskiego oraz liczne opracowania poświęcone poszczególnym zesłańcom – m.in. Julianowi Sabińskiemu, którego dziennik z zesłania odnalazł w Bibliotece Uniwersytetu Wileńskiego, Antoniemu Wałeckiemu, Józefowi Kopciowi.

A. Woltanowski zajmował się także historią Warszawy, był m.in. autorem kilkunastu haseł osobowych w Encyklopedii Warszawy, artykułów: Patriotyczna i głodna Warszawa 1794, Warszawskie Królewskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk 1800–1831 oraz dotyczącej powstania warszawskiego antologii I była w tym Polska od zenitu.