Po wybuchu II wojny światowej podczas kampanii wrześniowej został zmobilizowany do 2 Pułku Strzelców Podhalańskich i walczył w jego szeregach. Po agresji ZSRR na Polskę został aresztowany przez Sowietów w okolicach Tarnopola. Był przetrzymywany w obozie w Kozielsku. W kwietniu 1940 został zabrany do Katynia i tam został rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Jest pochowany na Polskim Cmentarzu Wojennym w Katyniu.

W 1947 przed Sądem Grodzkim w Sanoku, na wniosek Stanisławy Warchoł, zamieszkałej w Sanoku przy ul. Jagiellońskiej 38, toczyło się postępowanie sądowe o uznanie za zmarłego (dosł.) Ludwika Warchoła. W zawiadomieniu o tym podano, że zaginiony był profesorem gimnazjum w Sanoku, a we wrześniu 1939 wyruszył na front jako porucznik Wojska Polskiego.

Upamiętnienie Podczas „Jubileuszowego Zjazdu Koleżeńskiego b.