Związki strukturalne obu instytucji rozluźniły się po przyjęciu nowego statutu w 1975, kiedy to prezes zarządu SŻIH nie był już wybierany na stanowisko dyrektora Instytutu. 18 kwietnia 1994 r. wyodrębniono ze Stowarzyszenia Żydowski Instytut Historyczny – Instytut Naukowo-Badawczy jako jednostkę naukowo-badawczą podległą Ministerstwu Kultury i Sztuki. 7 listopada 1994 r. zawarto porozumienie określające zasady współdziałania Stowarzyszenia i Instytutu Naukowo-Badawczego. Obecnie obowiązujący statut przyjęto w 2021 r..
Stowarzyszenie jest właścicielem budynku dawnej Głównej Biblioteki Judaistycznej w Warszawie przy ulicy Tłomackie 3/5, który został udostępniony Żydowskiemu Instytutowi Historycznemu im. E. Ringelbluma wraz z należącymi do Stowarzyszenia i zgromadzonymi tam do 7 listopada 1994 zbiorami archiwalnymi, bibliotecznymi, muzealnymi. Od 1993, kiedy powstał pomysł stworzenia Muzeum Historii Żydów Polskich POLIN, realizacja tego przedsięwzięcia stała się głównym celem działalności Stowarzyszenia. Na mocy podpisanej umowy w styczniu 2005 z m.st. Warszawą i Ministerstwem Kultury i Dziedzictwa Narodowego Stowarzyszenie było odpowiedzialne m.in. za stworzenie koncepcji i sfinansowanie wystawy stałej nowego muzeum.