W 1866, w związku z wyborem lokalizacji dla nowego soboru katedralnego, abp Parteniusz zaproponował radzie miejskiej Irkucka, by zburzyć cerkiew Zbawiciela, a na jej miejscu postawić nową świątynię – sobór katedralny. Plany te nie zostały zrealizowane i świątynia przetrwała. Budynek nie poniósł strat także w 1879 podczas największego w historii pożaru miasta, który strawił 3/4 Irkucka. Ogień rozprzestrzenił się na belkach dachu w północnej części kaplicy, ale szybko został ugaszony, dzięki czemu świątynia przetrwała pożar prawie w nienaruszonym stanie. W 1880 wokół cerkwi zbudowano ogrodzenie, które ufundował I. Z. Trapieznikow.
Po ustanowieniu władzy radzieckiej w Rosji, cerkwi Zbawiciela groziło zniszczenie. Choć władze radzieckie poleciły zniszczyć leżące niedaleko świątyni inne pomniki architektury, takie jak Bramę Amurską, Bramę Moskiewską czy katedralny sobór Kazańskiej Ikony Matki Bożej, to dzięki oporowi mieszkańców Irkucka, jak i uznaniu w 1932 świątyni za obiekt o znaczeniu historycznym, tą najstarszą cerkiew w mieście udało się zachować przed zniszczeniem. Przestała jednak pełnić funkcje religijne. Najpierw umieszczono tu sklep i zakład produkujący buty, później dodatkowo lokowano tu różnego rodzaju warsztaty i magazyny, a w latach 50. mieszkania komunalne i siedziby różnych organizacji.