W 2005 roku podjął pracę w European Union Institute for Security Studies (EUISS) w Paryżu jako kierownik programu transatlantyckiego.
19 lipca 2010 otrzymał nominację na stanowisko dyrektora Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych, które sprawował do lipca 2015. Od sierpnia 2015 do grudnia 2016 wiceprezes Center for European Policy Analysis (CEPA). Członek rady Slovak Atlantic Comission (SAC).
Od 2016 pracował w ośrodku analiz i opinii Visegrad Insight. W lutym 2020 został redaktorem naczelnym pisma Res Publica NowaMarcin Zaborowski redaktorem naczelnym Res Publiki Nowej.
Ważniejsze publikacje Monografie Bush’s Legacy and America’s Next Foreign Policy (EUISS Chaillot Paper, wrzesień 2008) (z Kerry Longhurst) The New Atlanticist: Poland’s Foreign and Security Priorities (Blackwells, 2007) Germany, Poland and Europe: Conflict, Cooperation and Europeanization (Manchester University Press, listopad 2004)
Rozdziały w książkach 'Organizing a More Strategic US-EU Relationship’ w Shoulder to Shoulder.