Najwyższy Przewodnik Braci Muzułmańskich Po zamordowaniu al-Banny w 1949J. Zdanowski, Współczesna muzułmańska myśl społeczno-polityczna. Nurt Braci Muzułmanów, ASKON, Warszawa 2009, s.49. został wybrany na nowego Najwyższego Przewodnika. Nie był wcześniej członkiem najwyższych organów stowarzyszenia, a jego wybór miał udowodnić władzom państwowym, iż Bracia zrywają z taktyką terrorystyczną, którą wcześniej stosowali, a tym samym uratować organizację przed delegalizacją. Według niektórych źródeł, osoby związane z królem wprost zaaprobowały wybór al-Hudajbiego, a on sam został przedstawiony monarsze. W październiku 1951 nazwisko nowego Najwyższego Przewodnika zostało opublikowane.
Al-Hudajbi zrestrukturyzował organizację. Wbrew przewidywaniom okazał się energicznym działaczem, usunął z kierownictwa jego dotychczasowych członków. Potępił działalność terrorystycznej Sekcji Specjalnej Bractwa i ataki jego członków na brytyjskie oddziały stacjonujące nad Kanałem Sueskim. Oznajmił, iż zadaniem organizacji nie będzie walka zbrojna, a edukacja, studiowanie Koranu i wspieranie wszystkich chętnych w religijnym doskonaleniu sięJ. Zdanowski, Współczesna muzułmańska myśl społeczno-polityczna. Nurt Braci Muzułmanów, ASKON, Warszawa 2009, s.56.. Nowy kurs wzbudził silne kontrowersje w ugrupowaniu.