Dalsze zmiany zaszły w 1884 roku w oparciu o relację 21-letniej Fortunatiny Agrelli z Neapolu, która ogłosiła, że nowy sposób odmawiania nowenny został jej objawiony przez Matkę Bożą. Chora na padaczkę Fortunata Agrelli, wedle jej przekazu, pewnego dnia doznała objawienia. Matka Boża kazała jej odmówić kolejne trzy nowenny błagalne, prosząc o uzdrowienie, a następnie trzy nowenny dziękczynne, dziękując za otrzymane łaski, przy czym każdego dnia miała odmawiać 15 tajemnic różańca. Po odmówieniu modlitw we wskazanym czasie Fortunatina Agrelli doznała uzdrowienia. Następnie spotkała się z Bartłomiejem Longo, przekazując mu nowy sposób odmawiania modlitwy.
Od tej pory nowenna pompejańska składa się z cyklu 6 nowenn po 9 dni, co daje w sumie 54 dni. Jest podzielona na dwie części po 27 dni każda (3 × 9 dni). Pierwszą część stanowią trzy nowenny błagalne, natomiast drugą – trzy nowenny dziękczynne.
W roku 1890 papież Leon XIII uroczyście uznał cudowne uzdrowienie dziewczyny, które stało się początkiem nabożeństwa do Królowej Różańca Świętego z Pompejów, zwanej również Matką Boską Pompejańską.