Współpraca z ojcem Od najmłodszych lat El Greco uwieczniał go na swoich obrazach pod różną postacią m.in. pazia w Pogrzebie hrabiego Orgaza z 1588 roku czy w Madonnie Miłosiernej z 1605. Od młodzieńczych lat Jorge Manuel pomagał ojcu w realizacjach jego zleceń. Po raz pierwszy został wymieniony obok ojca w 1597 roku przy okazji realizowania zamówienia dla klasztoru Guadalupe. Po śmierci El Greca Manuel wraz z rzeźbiarzem Giraldo da Merlo wykańczał retabulum już jako architekt.
Do najważniejszych wspólnych realizacji zalicza się dzieła ze szpitala Caridad de Illescas w Toledo namalowane w latach (1603–1605). Jemu to zlecono wykonanie ramy w stylu neoklasycznym do dzieła ojca Święty Bernardyn ze Sieny. Sukces wykonania zlecenia zaowocował osobnym zleceniem w 1607 roku na wykonanie projektu portalu kolegium. Według Harolda Wetheya Jorge Manuel współpracował przy kilkunastu dziełach swojego ojca m.in.