Zbiory przyrodnicze Breyna nabyła caryca Katarzyna II Wielka (Licencja Creative Commons: Uznanie autorstwa 3.0 Polska), która przekazała je następnie Aleksiejowi Orłowowi.
Prace botaniczne Johann Philipp Breyne opracował na nowo i wydał w 1739 roku dzieło swojego ojca – Jakoba Breyna „Prodromus fasciculi rariorum plantarum…”, opatrując je życiorysem ojca, napisanym przez G. D. Seylera z Elbląga. Był przyjacielem Georga Andreasa Helwinga i mecenasem jego badań. Jako człowiek bogaty, lubiący naukowe wyzwania, kupił rękopis i pokrył koszty druku dzieła Helwinga „Flora quasimodogenita…”, do którego napisał także przedmowę. Opracował, częściowo zebrane jeszcze przez ojca dane dotyczące występowania 26 przedstawicieli rodzin sitowatych (Juncaceae), ciborowatych (Cyperaceae) i wiechlinowatych (Poaceae) w okolicach Gdańska opublikowane następnie w dziele „Agrostographia…” Johanna Scheuchzera z 1719 roku.