Greckokatolicki metropolita lwowski Andrzej Szeptycki skierował go do pracy misyjnej na terenach Ukrainy zajętych przez armię niemiecką, czego Jan Lewiarz podjąć się nie chciał, przez co został zwolniony ze stanowiska.
Duchowny prawosławny Działalność na Rzeszowszczyźnie W 1941 dokonał konwersji na prawosławie. W tym samym roku objął funkcję proboszcza w Ciechanii i pełnił ją przez dwa lata. Od 1943 do 1947 wykonywał analogiczne obowiązki w parafii w Bartnem. W okresie okupacji miał współpracować z Gwardią Ludową, a potem Armią Ludową ukrywając partyzantów. W wyniku donosu ukraińskich nacjonalistów władzom okupacyjnym został aresztowany i skazany na śmierć. Wyroku nie zdążono wykonać w wyniku szybkich postępów armii radzieckiej.
Był najważniejszym współpracownikiem metropolity warszawskiego i całej Polski Makarego po rozpoczęciu przez niego akcji misyjnej wśród ludności ukraińskiej wyznania greckokatolickiego przesiedlonej podczas Akcji „Wisła”. Prawdopodobnie dobrowolnie wyjechał wraz ze swoimi parafianami na Dolny Śląsk. W 1952 metropolita upoważnił go do prowadzenia misji w Polsce zachodniej i północnej. Już w 1947 był proboszczem parafii Zaśnięcia Matki Bożej w Zimnej Wodzie przy cerkwi pod tym samym wezwaniem, gdzie odbudowywał prawosławną parafię i pozostawał do 1958.