Nazwa Lynkestis pochodzi od nazwy starożytnego królestwa podbitego przez Filipa II, na którego terenie miasto się znajdowało.
thumb|Heraclea Lycestis na Via Egnatia
Heraclea była miastem strategicznie ważnym podczas epoki hellenistycznej, ponieważ graniczyła z Epirem na zachodzie i z obszarami nienależącymi do Grecji na północy, lecz utraciła swoją rolę od połowy II wieku p.n.e., gdy Rzymianie podbili Królestwo Macedonii. Kiedy Rzymianie podzielili Macedonię na 4 prowincje, Heraclea znalazła się w prowincji Macedonia Prima. Główna droga rzymska na tym obszarze, Via Egnatia, biegła przez Heracleę będącą ważnym punktem postojowym. Głównie dzięki tej drodze utrzymany został dobrobyt miasta. Z czasów rzymskich rządów w Heraclei odnaleziono obiekty takie jak wotywne pomniki, portyk, termy, teatr i mury miasta.
We wczesnym okresie bizantyjskim (od IV do VI wieku n.e.) Heraclea była ważnym ośrodkiem biskupim. Niektórzy z jej biskupów są znani z aktów zgromadzeń kościelnych, jak biskup Evagrius z Heraclei i Quintilinus – wspomniani odpowiednio w aktach synodów w Sardice z 343 roku n.e i II Soboru Efeskiego z 449 roku n.e. Pozostałościami tego okresu są Mała i Wielka bazylika, siedziba biskupa i bazylika pogrzebowa przy nekropolii.