Po rozwiązaniu AK pracował jako urzędnik ds. podatkowych w Tuszynie. W lipcu 1945 roku przyjechał do Warszawy i 9 października ujawnił się przed Komisją Likwidacyjną byłej Armii Krajowej. Został zweryfikowany przez MON. Od 1947 roku pracował w firmie budowlanej „Inż. Downar i S-ka”, a następnie jako inspektor techniczny w Dyrekcji Kursów Szkolenia Zawodowego.
Został aresztowany przez UB 5 października 1948 roku i oskarżony o współpracę z obcym wywiadem i przestępstwa kryminalne. 12 maja 1950 roku został skazany na 10 lat więzienia (zmniejszoną po rewizji wyrokiem z 12 marca 1951 roku do 9 lat, i następnie – w ramach amnestii – do 6 lat). Karę odbywał w więzieniu w Rawiczu i w Nowogardzie. Opuścił więzienie w 1954 roku. Sąd Najwyższy 12 czerwca 1958 roku uniewinnił Michała Górskiego-Penkalę z zarzutu popełnienia przestępstwa.
Po wyjściu z więzienia Górski-Penkala pracował jako inspektor w Miejskim Przedsiębiorstwie Wodociągów i Kanalizacji. Był do śmierci czynny zawodowo. Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie kwatera 121, rząd 2, grób 2.