W 1989 roku wstąpił do zakonu jezuitów a w 1991 roku złożył śluby. Zaraz po dołączeniu do zakonu został oddelegowany do pracy w Watykańskim Obserwatorim Astronomicznym. Został również mianowany kustoszem watykańskiej kolekcji meteorytów, funkcję tę sprawuje do dzisiaj. Rozpoczął również studia filozoficzne i teologiczne. W swojej pracy naukowej koncentruje się na związkach między meteorytami a planetoidami oraz pochodzeniem i ewolucją małych obiektów w Układzie Słonecznym. Jest autorem ponad 40 prac naukowych na tematy związane z astronomią. Oprócz tego był współautorem książek popularnonaukowych, tłumaczonych później na wiele języków. W 1996 roku wziął udział w ANSMET, akcji poszukiwania i badania meteorytów z Antarktydy. W czasie jej trwania odkrył kilka meteorytów. W 2000 roku Międzynarodowa Unia Astronomiczna nadała jego imię planetoidzie (4597) ConsolmagnoVatican Observatory: Guy J. Consolmagno, S.J. , znanej także jako Little Guy (można ją rozumieć jako "Mały Guy", albo dosłownie jako "Mały Facet"). W latach 2006–2007 był przewodniczącym Division for Planetary Sciences w American Astronomical Society.