W 1978 obronił pracę doktorską na Uniwersytecie Warszawskim (Władysław Orkan. Opowieść biograficzna) napisaną pod kierunkiem prof. Janiny Kulczyckiej-Saloni. Wchodził w skład rady naukowej Biblioteki PAU w Krakowie. Na emeryturę udał się 31 grudnia 1993, przy czym nadal pracował w bibliotece PAU w niepełnym wymiarze czasu.
Miał żonę Mieczysławę Marię (z domu Różycką) oraz dzieci: Dorotę i Pawła (tragicznie zmarłego w wypadku drogowym w wieku 27 lat).
Wybrane pozycje Wybrane prace Józefa Dużyka: Z dziejów cenzury w Krakowie w wiekach XV-XVII (1956), Kraków w dawnych felietonach (1960), Życie kulturalne Krakowa w latach 1870-1879 w świetle współczesnej prasy (1965), Kraków i jego uniwersytet (tom I - 1963, tom II - 1966), wspólnie ze Stanisławem Salmonowiczem, Egzekucja nad książką (1968), Droga do Bronowic (praca o Lucjanie Rydlu, 1968), Echa powstania styczniowego w literaturze i sztuce Krakowa (1968), W oficynach drukarskich Krakowa XVI w. (1970), Włodzimierz Tetmajer. Życie i twórczość (1971), Sława panie Włodzimierzu (1972), Katalog rękopisów Biblioteki PAN w Krakowie (trzy tomy: 1973, 1986, 1991 - współautor, dwa tomy: 1996, 1999 - autor), Władysław Orkan.