Partia bezskutecznie broniła rządu Kasima w czasie zamachu stanu przeprowadzonego w lutym 1963 przez iracki oddział partii Baas. Po zwycięstwie przewrotu została ponownie poddana represjom, po których kontynuowała działalność w podziemiu. Dopiero w 1972 podjęła w pełni jawną aktywność jako część Narodowego Frontu Patriotycznego, następnie dwaj komunistyczni ministrowie weszli w skład rządu, jednak już rok później, niezadowolona ze swojego położenia pod rządami Ahmada Hasana al-Bakra i Saddama Husajna, organizacja ograniczyła publiczną aktywność. W 1979, po kolejnej fali represji, ostatecznie zerwała z rządem; jej przywódcy przebywali już wówczas na emigracji. Do 1988 roku utrzymywała własne antyrządowe oddziały partyzanckie (Al-Ansar)Ismael, Tareq Y. The Rise and Fall of the Communist Party of Iraq. Cambridge/New York: Cambridge University Press, 2008. s. 184, 294.
Partia wznowiła działalność w Iraku po obaleniu Saddama Husajna.