Opieki nad Zabytkami Kultury i Prehistorii (od 1934 był to Krajowy Urząd ds. Prehistorii Górnego Śląska w Raciborzu). Mieściła się tam również biblioteka. Zwiększająca się liczba eksponatów sprawiła, że w latach 30. XX wieku postanowiono przenieść bibliotekę w inne miejsce, zwiększając w ten sposób powierzchnię przeznaczoną na ekspozycję. W trakcie prac związanych z nową organizacją wystaw, przeprowadzanych w latach 1936–1938, w kościele odkryto polichromię z 1. połowy XVII wieku, przedstawiające Zesłanie Ducha Świętego oraz Adorację Świątobliwej Eufemii. W dniu 12 lutego 1938 roku nastąpiło otwarcie muzeum po nowej aranżacji wnętrza. Część eksponatów (Dział Historii Naturalnej) przeniesiono do budynku naprzeciw muzeum. Zabytki archeologiczne natomiast zostały przeniesione do budynku przy obecnej ul. Wojska Polskiego tworząc wystawę „Prahistoria regionu”.
W roku 1945 znaczna część zbiorów uległa zniszczeniu i rozproszeniu. Po zakończeniu II wojny światowej zachowało się ok. 900 eksponatów. Muzeum ponownie otwarto 21 kwietnia 1948 roku, 15 grudnia 1949 roku zostało upaństwowione. W roku 1953 muzeum posiadało już 2127 eksponatów.
W wyniku ciągłego powiększania się zbiorów zaistniała potrzeba zaadaptowania kolejnego budynku, który obecnie stanowi drugie miejsce ekspozycji zasobów muzeum (ul.