Wicemistrzem został Sete Gibernau z 257 pkt., a trzecie miejsce zajął Max Biaggi z 217pkt. (obaj Honda).
YZR-M1 i Rossi zdominowali sezon 2005, kiedy to Włoch miał przewagę aż 147 punktów nad swoim rodakiem Marco Melandrim, a sam Rossi przyznał później, że motocykl z 2005 r. był najlepszym, jakim kiedykolwiek jeździł. Zastosowano dla tej konstrukcji nowy, bardziej zwarty silnik, skrócono suw i średnicę cylindra, zmieniono kształt baku paliwa (co dało lepszy rozkład masy), poprawki w aerodynamice pozwoliły na osiąganie lepszych prędkości maksymalnych o średnio 5km/h, wpłynęło to również na mniejsze zużycie paliwa.
2006 thumb|right|130px| Yamaha YZR-M1 2006 Sezon 2006 był już bardziej problematyczny dla zespołu Yamahy, co pokazał początek zmagań, kiedy zawodnicy skarżyli się na notoryczne problemy z chatteringiem. Winy doszukiwano się w 3 obszarach konstrukcji, które podczas zimowej przerwy zostały zmodyfikowane. Chodziło o znaczący przyrost mocy silnika, sztywniejszą ramę oraz nową konstrukcję opon Michelin. Te czynniki spowodowały, że start zmagań w wykonaniu Rossiego nie należał do zbyt udanych.