Był rektorem Wyższej Szkoły Teologiczno-Humanistycznej im. Michała Beliny-Czechowskiego (WSTH) w Podkowie Leśnej. 17 grudnia 2011 Rada Kościoła odwołała go z funkcji rektora. Odtąd jest kierownikiem Międzyinstytutowego Zakładu Historii Kościoła i Krajów Biblijnych działającym przy WSTH. Prowadzi prace badawcze w zakresie zagadnień historii ugrupowań religijnych oraz historii i kultury krajów biblijnych WSTH. Pracował też na Uniwersytecie Jana Kochanowskiego w Kielcach, gdzie wykładał filozofię w Instytucie Filologii Polskiej (do roku 2012)Instytut Filologii Polskiej, www.ujk.edu, s. 3. Wirtualna Polska.
Podejrzenie o plagiat Marek Wroński – po anonimowym donosie – sprawdził pracę doktorską Bernarda Koziroga i wyraził opinię, że jego doktorat jest w znacznej części plagiatem książki „Michał Belina Czechowski 1818–1876”, wydanej przez „Znaki Czasu” w 1979 roku. W listopadzie 2010 roku Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów potwierdziła, że praca doktorska Koziroga jest w znacznej części kopią książki „Michał Belina Czechowski 1818–1876”. Według Koziroga zapożyczenia dosłowne stanowią tylko około 5% całej pracy, a wszystko jest cytowane i potwierdzone przypisami.