Zajmował się przede wszystkim nauczaniem w kolegium jezuickim w Palermo, ale przez dwa lata przebywał w Trapani.
W 1638 roku, Schott ponownie spotkał Kirchera, który podróżował wówczas przez Sycylię do Rzymu. Schott towarzyszył Athanasiusowi w drodze do Syrakuz, gdzie wspólnie przeprowadzili doświadczenie którego celem było sprawdzenie czy relacja o spaleniu przez Archimedesa rzymskiej floty za pomocą luster i specjalnych soczewek, mogła być prawdziwaKnowles Middleton W. E., Archimedes, Kircher, Buffon, and the Burning-Mirrors, w: Isis, numer 52, część 4, University of Chicago Press, 1961.. W 1652 roku Schott został wysłany do Rzymu, gdzie pomagał Kircherowi w jego pracach. Był współorganizatorem muzeum przy Collegio Romano. Nie było to jednak muzeum w dzisiejszym tego słowa znaczeniu. Obok pamiątek z przeszłości zawierało bowiem całkiem niedawno skonstruowane urządzenia czy wydane publikacje. Jego celem było zapoznanie uczniów kolegium z historycznymi osiągnięciami naukowymi, jak i tymi współczesnymi. Schott pomagał Kircherowi również w edycji jego prac, między innymi przy przygotowaniach do publikacji Oedipus aegyptiacusOedipus aegyptiacus.. Po trwającym trzy lata pobycie w Rzymie, Schott powrócił do Niemiec.