Zgłosił się do służby w kraju. Po przeszkoleniu w dywersji został zaprzysiężony 29 listopada 1942 roku w Oddziale VI Sztabu Naczelnego Wodza. Zrzutu dokonano w nocy z 20 na 21 lutego 1943 roku w ramach operacji „File” dowodzonej przez por. naw. Karola Gębika. Dostał przydział do Kedywu Okręgu Wołyń AK na stanowisko oficera dywersji na miasto Kowel. Od września 1943 roku walczył w oddziale partyzanckim „Kord” jako oficer operacyjny, a od 15 lutego 1944 roku do 20 kwietnia 1944 roku był dowódcą II batalionu 43 pułku piechoty operującego w ramach Zgrupowania „Gromada” 27 Wołyńskiej Dywizji Piechoty.
W nocy z 20 na 21 kwietnia 1944 roku jego batalion utraciwszy kontakt z dywizją pod Zamłyniem został okrążony przez Niemców. Krokay rozwiązał oddział i sam przedostał się na teren Okręgu Lublin AK, a następnie do Warszawy. Miał w związku z tym rozprawę przed Wojskowym Sądem Specjalnym i odszedł z dywizji. Został uniewinniony. Od czerwca 1944 roku walczył jako zastępca cichociemnego ppłk. Antoniego Iglewskiego ps. Ponar, dowódcy Samodzielnego Batalionu Szturmowego „Suszarnia” działającego w ramach 106 Dywizji Piechoty AK w Inspektoracie Miechów AK Okręgu Kraków AK.