Skazywano często polskich obywateli za wstąpienie do wojska niemieckiego lub niemieckich organizacji paramilitarnych.
Powołano również Cywilne Sądy Specjalne (CSS), ale nastąpiło to dopiero w 1942 r.
W dniu 21 lipca 1943 roku ówczesny Komendant Główny AK gen. Tadeusz Bór-Komorowski przedstawił rządowi w Londynie nowy statut WSS, w którym wprowadzono dwie nowelizacje. WSS miały być powoływane przy Dowódcy AK (dotychczas przy Komendzie Sił Zbrojnych w Kraju). W przypadku stwierdzenia przez prokuratora, że oskarżony nie zasłużył na karę surowszą niż pozbawienie wolności, zniesiono możliwość zawieszenia postępowania.
Procedura karna Do właściwości podmiotowej WSS podlegały: osoby wojskowe, osoby cywilne współpracujące z ZWZ–AK i inne osoby oznaczone w przepisach specjalnych. Do chwili powołania CSS przy Delegatach w poszczególnych Okręgach WSS zajmowały się wszystkimi sprawcami przestępstw. WSS rozpatrywały również wszystkie sprawy dotyczące bezpieczeństwa podziemia, w tym Sił Zbrojnych w Kraju. Zgodnie ze statutem sądy rozpatrywały sprawy w składzie 3 sędziów, wśród których przynajmniej przewodniczący powinien być sędzią zawodowym „w znaczeniu ustawy o ustroju sądownictwa”. Dochodzenie rozpoczynało się na wniosek prokuratora, działającego na polecenie Dowódcy AK lub okręgu AK.