Kodeks Sądów Kapturowych dopuszczał jedynie karę śmierci lub uniewinnienie.
Mniejszymi wykroczeniami, nie dotyczącymi żołnierzy ZWZ/AK, lecz obywateli polskich zajmowały się Komisje Sądzące Walki Cywilnej (później Walki Podziemnej), działające w strukturach Kierownictwa Walki Cywilnej, a później Kierownictwa Walki Podziemnej. Do arsenału ich kar należały m.in. infamia, nagana (postanowienia o tych dwóch karach były publikowane w prasie podziemnej), upomnienie (o których informowano pismem wysłanym do ukaranego), chłosta (często za kradzież majątku Polaków) i obcięcie włosów (najczęściej wobec kobiet utrzymujących stosunki towarzyskie z Niemcami). Ostatnie dwie sankcje stosowane były głównie na wsiach, wobec osób, wobec których inne kary mogłyby być nieskuteczne i były stosowane niezmiernie rzadko.
Organizację struktury, a także zadania Służby Sprawiedliwości precyzował rozkaz dotyczący Odtwarzania Sił Zbrojnych (10 maja 1941 roku). Szef WSS przy KG ZWZ-AK płk Konrad Zieliński "Karola" podlegał Komendantowi Głównemu SZP-ZWZ-AK, a sprawy bieżące załatwiał z Oddziałem I Organizacyjnym. W okresie konspiracji funkcje szefa WSS przy KG i szefa służby sprawiedliwości zostały połączone i służba ta została wydzielona z pionu kwatermistrzowskiego.