Po powrocie do Anglii nadal zajmował się prawem i uczęszczał na spotkania Zoological Society.
Kariera W 1858 Sclater opublikował w Proceedings of the Linnean Society swą pracę na temat podziału zoogeograficznego, wydzielił krainy palearktyczną, etiopską, orientalną, australijską, nearktyczną oraz neotropikalną. Te krainy zoogeograficzne są nadal wyróżniane. Rozwinął również ideę istnienia Lemurii w trakcie podróży (1864) mającej na celu znalezienie podobieństw łączących faunę Madagaskaru z fauną Indii.
W 1874 został sekretarzem swojego brata George’a Sclatera-Bootha. Otrzymał propozycję pracy w służbie cywilnej, której nie przyjął. W 1875 został prezydentem British Association for the Advancement of Science, do którego przyłączył się w 1847.
Sclater był założycielem The Ibis, czasopisma wydawanego przez British Ornithologists’ Union. Pełnił funkcję sekretarza w Zoological Society of London od 1860 do 1902.
W 1901 opisał okapi leśne zachodnim naukowcom, mimo że nie widział żadnego na żywo. Jego biuro mieszczące się pod adresem 11 Hanover Square stało się miejscem spotkań londyńskich naturalistów. Pisał z wieloma osobami, zarówno osiadłymi, jak i podróżnikami.