W archidiecezji warszawskiej objął urząd wikariusza generalnego. W jego kompetencjach znalazły się sprawy Wydziału Duszpasterstwa Rodzin oraz Wydziału Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego. Ponadto zostały mu przydzielone sprawy personalne księży o stażu kapłańskim do 15 lat.
10 lutego 2015 papież Franciszek przeniósł go na urząd arcybiskupa koadiutora archidiecezji warmińskiej, który objął 12 lutego 2015. 15 października 2016 po przyjęciu rezygnacji arcybiskupa Wojciecha Ziemby został ustanowiony arcybiskupem metropolitą warmińskim i kanonicznie objął archidiecezję w posiadanie. Tego samego dnia odbył ingres do Konkatedry św. Jakuba w Olsztynie, a dzień później do Archikatedry Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Andrzeja we Fromborku. Z urzędu został wielkim kanclerzem Wydziału Teologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. 29 czerwca 2017 odebrał od papieża Franciszka paliusz, który uroczyście został mu nałożony 15 sierpnia 2017 w archikatedrze fromborskiej przez arcybiskupa Salvatore Pennacchia, nuncjusza apostolskiego w Polsce.