Posługę pasterską w 5 pułku piechoty Legionów pełnił do 31 grudnia 1921.
16 grudnia 1921 roku został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 roku w stopniu starszego kapelana, a 3 maja 1922 roku zweryfikowany w tym stopniu ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 roku i 27. lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymskokatolickiegoDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 42 z 24 grudnia 1921 roku, poz. 1900.Lista starszeństwa oficerów zawodowych. Załącznik do Dziennika Personalnego Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 13 z 8 czerwca 1922 roku, Zakłady Graficzne Ministerstwa Spraw Wojskowych, Warszawa 1922, s. 406.W ewidencji Wojska Polskiego był wskazany jako Jan Ziółkowski I (1923), a następnie jako Jan Leon Ziółkowski (1924).. Od stycznia do października 1922 roku był kapelanem 1 Dywizji Piechoty Legionów w Wilnie. Od października 1922 roku był kierownikiem Rejonu Duszpasterstwa Wojskowego na Litwie, w garnizonach Wilno, Stanisławów, Lida i Grodno. Następnie został przeniesiony do Lublina, gdzie od 1 października 1924 do 31 stycznia 1925 był kierownikiem Rejonu Duszpasterstwa Wojskowego. Od 1 lutego 1925 sprawował funkcję kierownika Rejonu Duszpasterstwa Wojskowego w Stanisławowie, od 1 maja 1925 proboszcza tamtejszej parafii wojskowej pod wezwaniem świętego Stanisława Biskupa.