3 stycznia 1806 roku prezesem nowo powstałej instytucji został wybrany George Clymer, jeden z sygnatariuszy Deklaracji Niepodległości Stanów Zjednoczonych. W kwietniu 1807 roku w budynku zaprojektowanym przez Johna Dorseya, znajdującym się przy Chestnut Street, otwarto kolekcję kopii rzeźb starożytnych zakupionych wcześniej w Paryżu. Od maja tego samego roku zwiedzający mieli możliwość oglądania dzieł malarstwa europejskiego oraz kopii rzeźb. Poniedziałki były zarezerwowane dla kobiet; ze ścian galerii usuwano wówczas wszystkie gipsowe akty, ponieważ były one postrzegane jako nieprzyzwoite dla kobiet. Charles Willson Peale miał ambicje założenia przy muzeum również uczelni artystycznej; plany te ziściły się w 1810 roku, kiedy przyjęto pierwszy rocznik do nowo otwartej akademii sztuk pięknych. Jednocześnie rada nadzorcza muzeum kontynuowała wysiłki w celu rozbudowy kolekcji i promocji nowej placówki. Zainteresowania decydentów skupiały się początkowo na malarstwie europejskim. W 1811 roku zorganizowano pierwszą coroczną wystawę (Annual Exhibition), która to tradycja przetrwała do roku 1969.