Obszar Zawodzia położony jest w dorzeczu Wisły, w zlewni dwóch rzek: Potoku Leśnego i Rawy. Zlewnia Rawy pokrywa zachodnią, północną i wschodnią część Zawodzia, zaś zlewnia Potoku Leśnego obejmuje fragment w centrum Zawodzia u jego dopływie do Rawy, a także ciągnie się na południe w rejonie ulicy Murckowskiej. Pomiędzy obiema zlewniami przebiega dział wodny V rzędu.
Potok Leśny poddany jest ciągłym regulacjom. W 2012 roku stan wód Potoku Leśnego na wysokości ujścia do Rawy oceniono jako zły, stan fizykochemiczny był poniżej stanu dobrego, potencjał ekologiczny oraz stan biologiczny określono na poziomie umiarkowanym, zaś stan potoku pod względem obecności substancji szczególnie szkodliwych był wówczas dobry. Rawa zaś stanowi otwarty kanał ściekowy, zasilany głównie wodą deszczową oraz ściekami komunalnymi i przemysłowymi. Rzeka ta, będąca dopływem Czarnej Przemszy, na terenie Zawodzia biegnie z zachodu na wschód. Ma w całości uregulowany przebieg i jest obwałowana. W 1913 roku w ramach regulacji Rawy został zlikwidowany znajdujący się na wysokości Zawodzia jaz.
Współcześnie w granicach Zawodzia nie występuje żaden zbiornik, lecz w miejscu zawodziańskiej zajezdni tramwajowej znajdował się staw Kaszyca. Widoczny był on na planach z 1916 i 1958 roku.