Pozostawał czynny do 1932, gdy proboszcz miejscowej parafii archimandryta Lew oraz grupa parafian została aresztowana pod zarzutami działalności kontrrewolucyjnej i agitacji antyradzieckiej. Cerkiew odebrano wiernym i zaadaptowano na fabrykę mleka. Budowla została przebudowana na potrzeby zakładu – zniszczono kopuły, wewnątrz wprowadzono podział na piętra, dobudowano nowe pomieszczenia służące produkcji, zniszczono dzwony z imionami członków rodziny carskiej.
Rosyjski Kościół Prawosławny ostatecznie odzyskał świątynię w 2005 (formalnie parafia Fiodorowskiej Ikony Matki Bożej istniała od 1992). W latach 2007–2013 miał miejsce jej kompleksowy remont, współfinansowany przez państwo (z uwagi na status zabytku, jaki posiada budowla) i prywatnych sponsorów. Odbudowaną cerkiew poświęcił 14 września 2013 patriarcha moskiewski i całej Rusi Cyryl.