Monaster pozostawał czynny do 1927 r., gdy został zamknięty na polecenie władz radzieckich. Dwa lata wcześniej w jednej z klasztornych świątyń swoją ostatnią w życiu Świętą Liturgię odprawił patriarcha moskiewski i całej Rusi Tichon. W latach 30. XX wieku cerkiew Narodzenia Matki Bożej, cerkiew Ikony Matki Bożej „Krzew Gorejący” oraz monasterska dzwonnica zostały całkowicie zniszczone, a na ich miejscu wzniesiono budynek na potrzeby szkoły. W latach 60. XX wieku przeprowadzona została konserwacja ocalałej cerkwi nadbramnej. Część wyposażenia zlikwidowanych monasterskich świątyń trafiła do cerkwi św. Eliasza w Moskwie-Chamownikach. Przy niej też zamieszkały ostatnie mniszki i posłusznice monasteruИлии Пророка в Обыденском переулке храм.
W 1991 r. przy cerkwi powstała żeńska wspólnota Ikony Matki Bożej „Miłościwa”, z jej inicjatywy od 1993 r. w świątyni odbywały się regularne nabożeństwa, zgromadzone w stowarzyszeniu kobiety starały się o oficjalną reaktywację monasteru. W 1995 r. Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego wydał w tej sprawie pozytywną decyzję, nadając równocześnie klasztorowi status stauropigii. W 2002 r. szkoła opuściła wzniesiony w latach 30. budynek na terenie kompleksu monasterskiego. Obiekt ten został rozebrany, co umożliwiło przeprowadzenie na jego terenie badań archeologicznych.