Formuła 3 W latach 2006–2007 Francuz dołączył do stawki Hiszpańskiej Formuły 3. W pierwszym sezonie startów pięciokrotnie stawał na podium oraz zwyciężał w jednym wyścigu. Został sklasyfikowany tuż za podium. Rok później wygrywał już dwa wyścigi, a sześciokrotnie stawał na podium. To pozwoliło mu uplasować się na najniższym stopniu podium klasyfikacji końcowej.
Euroseries 3000 W 2008 roku Prost odniósł największy sukces w swej dotychczasowej karierze – zdobył tytuł mistrzowski w Euroseries 3000 (obecnie Auto GP World Series). W towarzyszącej tej serii Włoskiej Formule 3000 został sklasyfikowany na trzeciej pozycji.
A1 Grand Prix Na przełomie 2008 i 2009 roku Francuz reprezentował swoją ojczyznę w A1 Grand Prix. Wraz z Loïciem Duvalem przyniósł swojemu zespołowi 47 punktów. Ekipa Francuska została sklasyfikowana na piątym miejscu w klasyfikacji końcowej.