W XVI i XVII wieku należała do rodziny Zbąskich. W 1510 Boruję odnotowano jako wieś Zbąskiego. Liczyła ona wtedy 9 łanów, a role sołeckie uprawiane były dla dziedzica. W 1530 odnotowano pobór z 4 łanów. W 1531 bracia kanonik poznański Jan Zbąski oraz Piotr dokonali podziału dóbr: Jan otrzymał m.in. połowę Boruja z karczmą zwaną Hamerską Karczmą oraz kuźnicą oraz pół łąki Czyste Wielkie, od drogi, która dzieli Czyste Wielkie od Czystego Małego aż do lasu zwanego Osowy Lasek. Piotr otrzymał natomiast drugą połowę wsi. W 1531 Jan Zbąski kustosz wiślicki, kanonik poznański oraz sekretarz królewski sprzedał bratu Piotrowi m.in. połowę Boruji wraz z Hamerską Karczmą i kuźnicą za 800 grzywien z zastrzeżeniem prawa odkupu. W 1563 we wsi miał miejsce pobór od 7 łanów, karczmy dorocznej, młyna dziedzicznego o 2 kołach korzecznych. W 1566 pobrano pobór od 7 łanów, 8 zagrodników, karczmy dorocznej, młyna o 2 kołach korzecznych, 5 rzemieślnikach, 3 komornik. W 1580 pobrano podatki z 7 łanów, 8 zagrodników, 5 komorników, młyna dorocznego o 2 kołach.
Przywilejem z 1 maja 1785 roku Boruję przeniesiono na prawa wsi olęderskiej.