Jego ostateczne rozwiązanie nastąpiło 15 stycznia 1945 roku, po wkroczeniu wojsk sowieckich i rozbrojeniu przez nich części partyzantów.
Formowanie 24 czerwca 1944 roku, na naradzie oficerów krakowskiego Kedywu w Karniowie zapadła decyzja o utworzeniu w oparciu o działające już pod ich kontrolą oddziały partyzanckie o kryptonimach „Błyskawica”, „Huragan”, „Grom” i „Skok” dużej jednostki w sile batalionu. Po zatwierdzeniu tej decyzji przez dowództwo Okręgu Kraków na jej organizatora i dowódcę wyznaczono majora Jana Pańczakiewicza, ps. „Skała”, a na miejsce koncentracji okolice Kocmyrzowa. Początkowo oddział miał nosić nazwę Batalionu Szturmowego nr 299.
Oddziały docierały na miejsce formowania batalionu pomiędzy 31 lipca a 8 sierpnia 1944 roku. Poza ich żołnierzami w skład nowo tworzonej jednostki weszli członkowie terenowych oddziałów Armii Krajowej, zaciąg ochotniczy oraz grupa około 30 dywersantów z Krakowa, dowodzona przez porucznika Czesława Skrobeckiego. Wśród żołnierzy batalionu było kilku uczestników udanej ucieczki z Auschwitz 14 lipca 1944 roku oraz około dziesięciu partyzantów radzieckich. 10 sierpnia pułkownik Edward Godlewski ps.