Geografia thumb|left|250px|Bagna Okefenokee na mapie pogranicza Georgii i Florydy Bagna wypełniają nieckę osuszając tereny na wschód i południowy wschód od Okefenokee. Mają długość około 56 km z północy na południe oraz około 40 km ze wschodu na zachód. Leżą na wysokości od 35,8 do 44,5 m n.p.m.. Zbierające się wody są źródłem dla dwóch rzek: St. Marys River i Suwannee River. Średnioroczna temperatura powietrza wynosi 20 °C. Woda w 95% pochodzi z opadów wynoszących średnio w roku 2280 mm.
Na terenie Okefenokee National Wildlife Refuge biorą początek dwie rzeki. Na południowym zachodzie Suwannee River, która po 450 km uchodzi do Zatoki Meksykańskiej. Na południowym zachodzie bagien bierze początek St. Marys River, która po 306 km uchodzi niedaleko miasta St. Marys oraz rezerwatu na Cumberland Island do Oceanu Atlantyckigo.
Ekosystem thumb|250px|Aligator na bagnach Okefenokee Obszar Okefenokee National Wildlife Refuge jest bardzo urozmaicony pod względem ekosystemu. Oprócz bagien zajmujących oczywiście największy obszar są także jeziora, preria, skrub, lasy bagienne oraz lasy terenów suchych.