W tej wersji El Greco wprowadza naturalizm oraz drugi plan z nowymi elementami. Panorama miasta jest już wyraźna, można wyróżnić wielką wschodnią kopułę obok gotyckiej wieży. Taka kopuła powstanie dopiero po śmierci artysty a stworzy ją na miejsce kaplicy mozarabskiej, syn mistrza, Jorge Manuel. Fakt ten skłonił historyk sztuki Elżbietę du Gue Trapier do wysnucia hipotezy, iż autorem tej wersji jest syn malarza a płótno powstało dużo późniejA. Vallentin El Greco s. 398.. Prawdopodobnie jednak kopuła mogła zostać domalowana lub była to śmiała wizja artysty zrealizowana przez syna architekta. Wskazuje na to inna kopia Śmierci Chrystusa datowana na 1613 rok a dziś znajdująca się w zbiorach Fundación Banco SantanderB. Wismer, M. Hansel El Greco and modernism s. 146. Do miasta prowadzi droga na której jadą jeźdźcy na białych koniach. U dołu krzyża widać kilka rozrzuconych kości, piszczeli i czaszkę.
W 1605 roku dokonuje się istotna zmiana w kompozycji tematu.W wersji filadelfijskiej El Greco dodaje nowe postacie będące świadkami męki pańskiej. W 1610 roku El Greco zmienia koncepcje obrazu i koncentruje się ponownie na śmierci Chrystusa.