Od tego czasu po linii kolejowej nr 213 jeżdżą tylko pociągi osobowe pomiędzy Gdynią a Helem (część relacji bywa skrócona do Władysławowa lub Pucka) oraz wakacyjne pociągi dalekobieżne.
26 września 1993 ze stacji Puck odjechał ostatni planowy pociąg pasażerski prowadzony trakcją parową.
W 1998 linia nr 213 została zmodernizowana. Stacje zostały wyposażone w urządzenia SRK sterowane zdalnie z Gdyni, przez co obsługa stacji (oprócz kas biletowych) stała się zbędna.
W marcu 2001 dzięki interwencji i dofinansowaniu samorządu województwa pomorskiego linia została uratowana przed likwidacją.
Po 2000 były jeszcze próby reaktywacji linii do Krokowej chociażby do jazd drezynowych. Latem 2005 został ogłoszony przetarg na rozbiórkę tej linii.
W 2005 do obsługi połączeń lokalnych pomiędzy Gdynią a Helem zaczęto stosować szynobusy i spalinowe zespoły trakcyjne wyprodukowane przez PESA Bydgoszcz. W 2006 pojazdy te przejęły całość przewozów poza sezonem. W sezonie letnim ze względu na zwiększenie liczby podróżnych stosowane są składy tradycyjne.