Ngô Ðình Nhu zarzucał Stanom Zjednoczonym chęć pozbycia się ich rządów, gdyż razem z bratem nie chciał prowadzić marionetkowej względem USA polityki. Wierzył w zwycięstwo natarcia armii Wietnamu Południowego, po których nastąpią rozmowy pokojowe z północnowietnamskim przywódcą Hồ Chí Minhem – szefem Demokratycznej Republiki Wietnamu (Wietnamu Północnego). Zdawał sobie sprawę z buntu własnej armii. Te poglądy, rzucone podczas rozmowy z francuskim przyjacielem rankiem 1 listopada 1963, zostały zarejestrowane przez kontrwywiad Francji, były one jednak fantastyczne wobec rzeczywistej sytuacji podczas konfliktu.
Razem z Ngô Đình Diệmem został zdradzony przez swego „wiernego przyjaciela” – generała Tôn Thất Đínha, który dokonał skutecznego przewrotu przeciwko ich rządom. Obaj uciekli wobec przewagi wroga z siedziby prezydenckiej tajnym tunelem celem połączenia się z generałem Huỳnh Văn Cao, który przeszedł jednak na stronę wroga. Znaleźli się wobec tego w Chợ Lớn – chińskiej dzielnicy w Sajgonie – gdzie schronienia udzielił im szef chińskich wspólnot wyznaniowych. Przedstawił im plan ucieczki na sampanach w workach wypełnionych ryżem. Skorzystawszy z tego rodzaju ucieczki, bracia 2 listopada 1963 wczesnym rankiem zawędrowali do kościoła świętego Franciszka Ksawerego, gdzie schronili się, wyspowiadali i przyjęli komunię.