W 1849 Zawojko został mianowany gubernatorem Kamczatki i dowódcą portu w Pietropawłowsku Kamczackim. Podczas jego rządów na Kamczatce rozwijało się wielorybnictwo i przemysł odlewniczy, rozbudowana została również tutejsza baza wojskowa. Zreorganizował też lokalny handel, który do tej pory miał głównie charakter wymienny, na czym tracili miejscowi Kamczadalowie, nie znający rzeczywistej wartości oferowanych przez nich wyrobów futrzarskich. Zawojko polecił zatrudnić specjalnego urzędnika, pod którego nadzorem dokonywano transakcje, dzięki czemu ograniczone zostały będące do tej pory na porządku dziennym praktyki oszukańcze. Chcąc doprowadzić do rozwoju hodowli polecił sprowadzić z Ajany 300 krów, które zostały rozesłane mieszkańcom Kamczatki. Próbował też zachęcić ich do uprawiania ziemi, rozwijania ogrodnictwa (m.in. zalecał im uprawianie ziemniaków na własnych zagonach).
W rejonie gorących źródeł nad rzeką Paratunką (ok. 70 km na południowy zachód od Pietropawłowska Kamczackiego) zorganizował ośrodek kwarantanny dla trędowatych.