Obszar nadleśnictwa obejmuje następujące mezoregiony: Równinę Grodkowską, Równinę Wrocławską, Dolinę Nysy Kłodzkiej, Równinę Namysłowską, Płaskowyż Prudnicko-Głubczycki, Góry Opawskie, Przedgórze Paczkowskie i Obniżenie Otmuchowskie. Ze względu na wysoką jakość gleb i rolniczą działalność człowieka w regionie, udział lasów w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Prudnik wynosi 10%. Na terenach przez nie zarządzanych znajduje się 287 kompleksów leśnych. Od 1998 powierzchnia lasów w nadleśnictwie zwiększyła się o ponad 2000 ha.
W skład Nadleśnictwa Prudnik wchodzi 14 leśnictw w dwóch obrębach: obręb Prudnik: leśnictwo Dębowiec leśnictwo Mokre leśnictwo Moszczanka leśnictwo Opawica leśnictwo Pokrzywna leśnictwo Ściborzyce leśnictwo Trzebina obręb Szklary: leśnictwo Biechów leśnictwo Buków leśnictwo Kubice leśnictwo Lipowa leśnictwo Markowice leśnictwo Szklary leśnictwo Wilemowice
Historia mały|Biskupia Kopa – najwyższe wzniesienie nadleśnictwa Nadleśnictwo Prudnik powstało w 1959 roku w wyniku przekształcenia ówczesnego Nadleśnictwa Głuchołazy z siedzibą w Polskim Świętowie. Willa przy ul. Dąbrowskiego 34 w Prudniku, w której znajduje się siedziba Nadleśnictwa Prudnik, została wzniesiona w 1900, a jej właścicielem był architekt miejski Schinol.