Podczas Kampanii wrześniowej 1939 został przydzielony do 36 pułku piechoty Legii Akademickiej, od 4 września dowódca I batalionu 1 pułku piechoty Obrony Pragi podczas obrony Warszawy. Podczas okupacji używał początkowo dokumentów na nazwisko Jan Bobowski, inwalida wojenny i był krótko kierownikiem szkoły powszechnej, która znajdowała się przy ul. Czerniakowskiej. Później mieszkał przy ul. Jakubowskiej i Bonifraterskiej używając nazwiska Jan Babecki, zaś pod nazwiskiem J. Zborowicz przy ul. Okrąg. Wykorzystując kontakty z żołnierzami swojego batalionuRozwiązał go po kapitulacji Warszawy, nie zrywając jednak kontaktów z częścią kadry założył 23 listopada organizację konspiracyjną Związek Czynu Zbrojnego, która występowała początkowo pod nazwą „Grupa A”, a po połączeniu z innymi grupami przyjęła 27 lutego 1940 nazwę ZCZ, zostając jej komendantem głównym. ZCZ zamierzał stać się krajową ekspozyturą Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie, podległą bezpośrednio Naczelnemu Wodzowi gen.