W 2004 był kandydatem posłów Platformy Obywatelskiej do Rady Polityki Pieniężnej. Publikował felietony w różnych czasopismach. W 2007 w jednym z nich kwestionował kompetencje Sławomira Skrzypka do zajmowania stanowiska prezesa NBP. Ten ostatni skierował przeciwko niemu prywatny akt oskarżenia o zniesławienie. W sierpniu 2009 sąd rejonowy w Poznaniu skazał Jana Winieckiego na karę grzywny. Przedmiotowy wyrok został uchylony do ponownego rozpoznania w styczniu 2010 decyzją Sądu Okręgowego w Poznaniu. W lipcu 2012 w pierwszej instancji wobec Jana Winieckiego ponownie zapadł nieprawomocny wyrok skazujący go na grzywnę. W wyniku postępowania odwoławczego w lutym 2013 wyrok ten został uchylony, a postępowanie karne prawomocnie umorzone z uwagi na znikomą społeczną szkodliwość czynu.
13 stycznia 2010 Senat (z rekomendacji senatorów Platformy Obywatelskiej) powołał go w skład Rady Polityki PieniężnejUchwała Senatu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 13 stycznia 2010 r. w sprawie powołania członków Rady Polityki Pieniężnej (). na okres sześcioletniej kadencji.