Równocześnie od 1888 należał do Komitetu Prawosławnego Towarzystwa Misyjnego, w 1890 został wybrany do rady towarzystwa szerzenia oświaty religijno-moralnej, zaś w 1892 został jego przewodniczącym.
W 1892 został proboszczem cerkwi św. Andrzeja z Krety w Petersburgu. Przy jego współudziale powstała przy niej szkoła techniczna, przygotowująca do pracy w urzędzie odpowiedzialnym za druk państwowych dokumentów i waluty rosyjskiej. Ks. Ornatski został jej kierownikiem, był również katechetą. W roku następnym wszedł do rady miejskiej Petersburga jako jeden z przedstawicieli duchowieństwa. Angażował się w budowę w mieście noclegowni, przytułków oraz nowych cerkwi. Przyczynił się do wzniesienia dwunastu świątyń, w tym cerkwi Zmartwychwstania Pańskiego, Świętych Piotra i Pawła, św. Sergiusza z Radoneża, św. Serafina z Sarowa, św. Jana Chrzciciela, św. Gerazyma oraz św. Izydora, przy której współorganizował bractwo dla prawosławnych Estończyków.