Jan Fitzke prowadził prace wykopaliskowe w wielu miejscowościach województwa wołyńskiego. Najcenniejszych odkryć dokonał w Łucku (w dzielnicach Krasne, Gnidawa i Jarowica), gdzie odnalazł stanowiska kultury ceramiki wstęgowej. W Poddębcach w powiecie łuckim badał kurhany z X-XII wieku z pochówkami i towarzyszącymi im przedmiotami, w Lubomli pozostałości staroruskiego grodziszcza z X–XIII wieku, w Drużkopolu mogilniki ciałopalne kultury łużyckiej. Jan Józef Fitzke dokonał też odkryć w wielu innych miejscowościach Wołynia.
Uczestniczył też w pracy wołyńskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego, zajmował się muzealnictwem na terenie województwa wołyńskiego, zbiorami Ostrogskich, dokumentował pobyt na Wołyniu Józefa Ignacego Kraszewskiego, wydał katalog monet ze zbiorów Muzeum Wołyńskiego, popierał utworzenie muzeów regionalnych w Dubnie i Krzemieńcu. Pracował w komitecie redakcyjnym miesięcznika „Ziemia Wołyńska” – organu oddziału wołyńskiego PTK, gdzie opublikował artykuły o prehistorii Lubomli i zamku Lubarta w Łucku.
Pod koniec lat 30. ukończył pracę doktorską, której nie zdążył obronić.
W przeddzień wybuchu II wojny światowej Jan Józef Fitzke jako oficer został powołany do Wojska Polskiego.