Na każdej planszy są do zdobycia trzy ukryte monety, tzw. Star Medals, których odpowiednia sumaryczna liczba jest wymagana, by odblokować konkretne plansze w grze. Na mapie gry możemy dostać się do domu Toada, u którego dostaniemy dodatkowy power-up, możemy wejść do Magic Boxa, w którym możemy zdobyć dodatkowe Star Medals. Po jednokrotnym przejściu gry, odblokowuje się dodatkowe 8 specjalnych światów, będących zazwyczaj trudniejszą odmianą normalnych plansz w grze. Pojawiają się utrudnienia na przykład w postaci mocno skróconego limitu czasowego, czy goniącego naszą postać Cosmic Mario, z którym kontakt jest dla Mario śmiertelny. Dodatkowo, po przejściu ostatniej planszy na 1 specjalnym świecie spowoduje odblokowanie Luigiego, którym można grać zamiast Mario.
Super Mario 3D Land wykorzystuje efekt stereoskopowego 3D, umożliwiając widzenie głębi ekranu. Chociaż gra nie wymaga, by ten efekt był włączony, niektóre bonusowe pomieszczenia na planszach są tak skonstruowane, że bez włączonego trybu 3D, ciężko je ukończyć. Gra korzysta również z wbudowanego w konsolę żyroskopu do celowania armatą czy lornetką.