Działalność w czasie okupacji Od 1942 przebywał w Przeworsku poświęcając się pracy medycznej wśród oddziałów partyzanckich i mieszkańców miasta. W czasie okupacji utworzył Poradnię Lekarską i założył Tajny Komitet Opieki Społecznej. Komitet zapewnił osobom zagrożonym, sierotom, dzieciom żydowskim możliwość przetrwania. Po zakończeniu wojny przekształcony został w Powiatowy Komitet Pomocy Społecznej. Doktor Jankowski roztoczył pomoc medyczną również nad więźniami obozu w Pełkiniach. Założył w lipcu 1944 Punkt Opatrunkowy przy ul. Misiągiewicza, przeniesiony później do Szkoły Żeńskiej.
Twórca i dyrektor szpitala Z inicjatywy doktora, 11 listopada 1944 w dawnej Willi Ordynackiej przy ul. Studziańskiej zostaje otworzony szpital. Dyrektorem placówki zostaje Henryk Jankowski. Dzięki jego zaangażowaniu już w pierwszym roku powstały cztery oddziały: chirurgiczny, ginekologiczny, wewnętrzny i zakaźny. W powiecie przeworskim organizował przychodnie i ośrodki zdrowia. W 1953 uzyskał specjalizację l stopnia z chirurgii, zaś w 1958 specjalizację II stopnia z radiologii. Wygłosił wiele prelekcji kształtujących świadomość środowiska nt.