Około połowy V wieku p.n.e. Nikonion było umocnione murami. Posiadało też szereg kamiennych domów oraz brukowaną ulicę. W V wieku do miasta importowano znaczne ilości glinianych naczyń attyckich, co doskonale odzwierciedla ówczesną polityczną i gospodarczą pozycję Aten. Z drugiej ćwierci V wieku pochodzą brązowe monety znajdowane tylko w Nikonion, co pozwala przypuszczać, że tam również je wytwarzano. Na awersach znajduje się przedstawienie sowy oraz legenda ΣΚ, ΣΚΥ, ΣΚΥΛ, ΣΚΥΛΕ, na rewersie – koło z czterema szprychami. Ze względu na legendę monety te często przypisuje się scytyjskiemu królowi Skylesowi, opisanemu przez Herodota (IV, 78-80), chociaż jest bardzo prawdopodobne, że ich emitentem była osoba o podobnym imieniu (np. Skythes, popularnym na północnych wybrzeżach Morza Czarnego).
W drugiej połowie IV wieku p.n.e. miasto zostało zniszczone. Badacze łączą ten fakt ze znanym z tekstu Makrobiusza (Saturnalia I, 11, 33) pochodem wojsk macedońskich w 331 r. p.n.e. pod wodzą Zopyriona na Olbię. Pozbawionym dachu nad głową Nikonijczykom przyszli wtedy z pomocą mieszkańcy pobliskiego Tyras, o czym świadczy jedna z inskrypcji. Niedługo potem miasto zostało zupełnie opuszczone.