Uwięzienie Za Jana Po śmierci Ryszarda I rozpoczęła się walka o władzę pomiędzy 12-letnim Arturem i Janem, bratem zmarłego. Eleonora znajdowała się prawdopodobnie pod kontrolą Jana, kiedy ten pokonał Artura pod Mirebeau. Nie ma wzmianek jakoby została schwytana podczas walki. Artur zniknął w tajemniczych okolicznościach w 1203 roku. Mimo że Eleonora pozostawała potencjalną następczynią Jana (nie posiadającego wówczas potomstwa), nie istnieją przesłanki jakoby już wówczas zdecydował się uwięzić bratanicę.
6 grudnia tego samego roku Jan zbiegł z Normandii zabierając Eleonorę. Początkowo miała zostać zabrana na północ Anglii, a następnie do Bristolu, gdzie strzegło jej czterech rycerzyThe History of Bristol, Civil and Ecclesiastical: Including Biographical Notices of Eminent and Distinguished Natives. John Corry i John Evans, s. 243. Wiosną 1204 roku Filip II zażądał jej uwolnienia celem wydania za mąż za jego młodszego syna. Księżniczka była wówczas przetrzymywana w zamku Corfe, strzeżona przez Szczepana z Thornhamu oraz 25 oddanych jej francuskich knechtów. Po próbie ucieczki 22 z nich zostało złapanych i zagłodzonychCorfe Castle. Eleonora mieszkała w wieży Gloriet, jadała posiłki w długiej sali i zezwalano jej na spacery wzdłuż murów.